create a count matrix based on overlap results from
calculateOverlap
Usage
# S4 method for class 'giotto'
overlapToMatrix(
x,
name = "raw",
poly_info = NULL,
feat_info = NULL,
type = c("point", "intensity"),
count_info_column = NULL,
aggr_function = "sum",
return_gobject = TRUE,
verbose = TRUE,
...
)
# S4 method for class 'giottoPolygon'
overlapToMatrix(
x,
feat_info = "rna",
type = c("point", "intensity"),
count_info_column = NULL,
output = c("Matrix", "data.table"),
...
)
# S4 method for class 'SpatVector'
overlapToMatrix(
x,
col_names = NULL,
row_names = NULL,
count_info_column = NULL,
output = c("Matrix", "data.table"),
verbose = TRUE,
...
)
# S4 method for class 'data.table'
overlapToMatrix(x, aggr_function = "sum", output = c("Matrix", "data.table"))Arguments
- x
object containing overlaps info. Can be giotto object or SpatVector points or data.table of overlaps generated from
calculateOverlap- name
name for the overlap count matrix
- poly_info
character. Polygon information to use
- feat_info
character. Feature information to use
- type
character. Type of overlap data (either 'point' or 'intensity')
- count_info_column
column with count information
- aggr_function
function to aggregate image information (default = sum)
- return_gobject
return giotto object (default: TRUE)
- verbose
be verbose
- ...
additional params to pass to methods
- output
data format/class to return the results as
- col_names, row_names
character vector. (optional) Set of row and col names that are expected to exist. This fixes the dimensions of the matrix since the overlaps information does not directly report rows and cols where no values were detected.
Examples
g <- GiottoData::loadGiottoMini("vizgen")
#> 1. read Giotto object
#> 2. read Giotto feature information
#> 3. read Giotto spatial information
#> 3.1 read Giotto spatial shape information
#> 3.2 read Giotto spatial centroid information
#> 3.3 read Giotto spatial overlap information
#> 4. read Giotto image information
#> python already initialized in this session
#> active environment : 'giotto_env'
#> python version : 3.10
#> checking default envname 'giotto_env'
#> a system default python environment was found
#> Using python path:
#> "/usr/share/miniconda/envs/giotto_env/bin/python"
gpoly <- getPolygonInfo(g,
polygon_name = "aggregate",
return_giottoPolygon = TRUE
)
gpoints <- getFeatureInfo(g, return_giottoPoints = TRUE)
# calculate all transcripts overlapped
out_all <- calculateOverlap(gpoly, gpoints)
#> 1. convert polygon to raster
#> 2. overlap raster and points
#> 3. add polygon information
#> 4. add points information
#> 5. create overlap polygon
#> information
overlapToMatrix(out_all)
#> Warning: [overlapToMatrix] expected col_names and row_names
#> not provided together. Points aggregation Matrix output
#> may be missing some cols and rows where no detections
#> were found.
#> 337 x 462 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#> [[ suppressing 33 column names ‘100210519278873141813371229408401071444’, ‘101161259912191124732236989250178928032’, ‘101488859781016188084173008420811094152’ ... ]]
#>
#> Abcc9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ackr1 . . . 3 . . . 1 . 1 7 . 2 2 1 . . . . . . . 1 . . 5 . . .
#> Ackr3 . . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adcyap1r1 . . 1 4 1 4 5 4 1 1 6 7 2 1 2 1 1 2 . 2 2 2 1 3 1 1 2 3 .
#> Adgra1 . . 1 1 1 . . 1 . . . . 1 . . . . . . 2 . . 1 . . . . . .
#> Adgra2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . .
#> Adgra3 . 1 . . . . 2 1 1 . . 2 . . 2 . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrb1 . . . 3 . 1 . 3 . 6 6 1 2 . . 1 1 3 . 1 . 3 5 1 1 . 1 . .
#> Adgrb3 . . . . . 3 . 2 1 1 3 1 . 1 . . . . . . . . . 2 . 2 3 1 .
#> Adgre1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . .
#> Adgrf2 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Adgrf4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrf5 4 . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrg1 2 . . . 1 . 4 . 2 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . 1 . .
#> Adgrg2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrg4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrg6 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrl1 1 . 1 1 3 1 . 4 1 . 1 6 3 2 2 1 . 1 . . 1 . 1 1 . 2 . . .
#> Adgrl2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrl3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrl4 2 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adgrv1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . .
#> Adora1 . 1 1 1 . . . . 1 1 . 1 . . 1 . 4 2 . . 1 . 1 . 1 . . 1 .
#> Adora2a . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Adora2b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adra1a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adra1b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adra1d . . . . . . . 1 . 1 1 . . 1 . . . 2 . . . . 2 1 . 1 . . .
#> Adra2a . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . .
#> Adra2b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adrb1 . . . . . . . . . 1 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Adrb2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Agtr1a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Aldh1l1 . . . . 1 . 1 . 1 1 . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . .
#> Alk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Amigo2 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Anxa11 . . . 1 . 1 . 1 . 1 2 . 1 . 1 . . . 1 . 1 . 1 . 2 . . . .
#> Aplnr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Aqp4 . 1 . . . . 3 . 4 . . . . . . . 1 1 . 11 . . . . . . 1 . .
#> Arhgap29 2 . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Ascl1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Atp13a5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Avpr2 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Axl . . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . .
#> Baiap2 . 1 5 2 1 2 . 3 . 4 7 1 4 1 1 . . 2 . 1 1 5 2 5 . . . 1 .
#> Bdkrb1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Bdkrb2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Blank-104 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-127 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-128 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-145 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-148 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Blank-152 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-155 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-161 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-45 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Blank-57 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-69 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-80 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-83 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Blank-95 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Brs3 . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C1qa . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
#> C1qb . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 4
#> C3ar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C5ar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> C5ar2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Calcrl . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . .
#> Casr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Cckbr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr10 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ccr9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cd300c2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Celsr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
#> Celsr2 . 1 . 5 1 2 1 3 . 2 3 2 3 1 2 1 . 4 . . . . 2 3 . 1 1 1 .
#> Celsr3 . . . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . . . 4 . 1 1 . . . . . .
#> Cenpe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Chrm1 . . . 6 . 1 . 2 . 1 . 2 1 1 1 1 . 1 . . 1 1 3 3 1 2 . . .
#> Chrm3 . . . . . . . 1 . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Chrm4 . . 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 .
#> Chrm5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cldn5 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cmklr1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Cnr1 . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . 2 1
#> Crhr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Crhr2 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Csf1r . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . 7
#> Cspg5 . . . . 5 1 12 . 9 . 3 2 1 1 . 1 . . . 3 1 2 2 . . . 7 . .
#> Cx3cl1 . . 1 5 1 . 1 5 1 2 2 7 2 4 . 3 . 3 1 2 3 5 6 6 1 4 . 3 .
#> Cx3cr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
#> Cxcl12 3 . . . 2 . . . . . 1 . 1 . . . . 3 9 4 . . 1 . 1 3 . 1 .
#> Cxcr4 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . .
#> Cysltr2 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ddr1 . 6 . . . 1 . . 3 . 2 . . 1 . . 2 . . 3 . . 1 . . . . . .
#> Ddr2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Dlk1 . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . . . 1 1 .
#> Drd1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Drd2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Drd5 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ednra . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . .
#> Ednrb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Efemp1 . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . .
#> Egfr . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
#> Emcn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Eomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Epha1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha10 . 1 1 1 . . . . . . 2 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Epha3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . 1 . . . . .
#> Epha4 . . 1 2 1 1 . 3 1 . 3 1 1 2 2 1 1 3 . . 1 2 4 3 2 1 . 1 .
#> Epha5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Epha6 . . 1 . . 1 . . . 1 3 1 . 3 . 1 . 1 . . 1 . 2 2 . . . 2 .
#> Epha7 . . 1 . . 1 . 2 . 2 2 5 . 2 3 3 . . 2 . 2 3 . 2 . . . 1 .
#> Epha8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ephb1 . 2 . . 1 . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 2 . .
#> Ephb2 . . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Ephb3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Ephb6 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 1 . 2 . . . . 1 1
#> Erbb2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Erbb3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Erbb4 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . .
#> F2r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> F2rl3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fgfr2 . 6 . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Fgfr3 . . . . 1 . 3 . 3 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . .
#> Fgfrl1 . . . . 1 . . . 4 . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . .
#> Flt1 10 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Flt3 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Flt4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fn1 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fpr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Fzd1 . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
#> Fzd10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Fzd2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . .
#> Fzd3 . 1 . 1 1 2 . 1 1 . . 2 2 2 . 1 1 . 1 . . 2 1 2 1 2 . 1 .
#> Fzd4 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Fzd5 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Fzd6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
#> Fzd7 . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
#> Fzd8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . .
#> Fzd9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gabbr1 . 2 4 1 1 1 . 4 2 3 10 5 3 2 1 1 . 2 . 3 1 4 3 6 . 6 2 . 2
#> Gabbr2 . . 3 2 . 1 . 1 . . 3 1 3 1 3 2 . 2 . . 2 2 2 1 1 5 . . 1
#> Gad1 . . 2 1 . 2 . 3 1 1 . . . . . 1 . . . . 1 . 2 2 . . . . .
#> Galr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
#> Gcgr . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gfap 1 12 . . 6 . . . 1 2 . . 1 . . . 21 . . 13 . . . . . . 1 . .
#> Ghsr . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . .
#> Gipr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gjc3 . 15 . . . . . . . . . . . . . . 6 . . . . . . . . . . . .
#> Glp2r . . . . . . . . . 2 5 2 2 . . . . 1 . . . 2 1 2 1 . . 1 .
#> Gpbar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gper1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr101 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr135 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . .
#> Gpr139 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr146 . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Gpr153 . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Gpr156 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr157 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr158 . . 4 . 1 2 . 1 . . 1 . 1 . 2 . . . . . . . 1 1 . 1 . . .
#> Gpr160 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr161 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr162 . . 1 1 . 1 . 2 . 1 . 1 . 2 . . . 3 . 1 . 2 . . . . . . 1
#> Gpr17 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr173 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Gpr176 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . 1 .
#> Gpr182 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr183 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr21 . . . . . . . . . 1 . . . . . . 2 . . . . . . . . 1 . . 1
#> Gpr22 . . . 2 1 . . 2 . 1 1 . 2 1 . . . 1 . . . 2 2 1 . 1 . 1 .
#> Gpr26 . . 1 . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr27 . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . . . . 1 1 . . . . . . . .
#> Gpr34 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr37 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr37l1 . . . . 1 . 10 . 9 . . . . . . . . . . 5 . 1 . . . . 2 . .
#> Gpr4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr45 . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr52 . . . . . . . 1 . . 3 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Gpr55 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr61 . . 1 1 . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
#> Gpr62 . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . .
#> Gpr63 . . . . . . 1 . . . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
#> Gpr75 . . . . 1 . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 3 . . . . . . .
#> Gpr83 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gpr85 . . . . . 2 . 1 . . . 3 1 . . . . 1 . . . 2 2 . . . . . .
#> Gprc5b . 17 . . 2 . 1 1 4 . 5 . 1 . . . 7 1 . 1 . . 1 . . . 1 . .
#> Gprc5c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Gramd3 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Grin2b . . 3 5 2 2 . 4 . 1 5 3 2 . 1 . . 1 . . . 2 5 1 . 1 . 2 .
#> Grm1 . . 1 . . . . 2 . 2 4 1 . . 1 . . 1 . . . . 1 . . 1 . . .
#> Grm2 . . . 1 . . . 1 . 2 2 2 1 1 . . . . . 1 . . 2 1 . 1 . . .
#> Grm3 1 6 . . . . . . 2 . . . . . . . 3 . . . . . . . . . 1 . .
#> Grm4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Grm5 . . 1 5 2 3 . 2 . 5 7 1 3 . 2 1 . 2 1 . . 1 1 3 . 1 . . .
#> Grm7 . . 3 1 1 2 . 2 . 3 4 4 2 . 1 . 1 2 . . 2 . . 1 1 . . 2 .
#> Grpr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hcar1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hcrtr2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hrh1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Hrh2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Hrh3 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
#> Htr1a . . . . 1 1 . 1 . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . .
#> Htr1b . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr2a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr4 . . . . . . . . . . 3 1 . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . .
#> Htr5a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr5b . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr6 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Htr7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Igf1r 5 1 1 1 1 . . 1 . . 1 . . . . . 1 . 1 3 . . . 1 . . 1 1 1
#> Insr . 1 1 . . . . 1 . 2 3 1 3 . . 1 1 1 . . . . . . 1 . . . .
#> Insrr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Kcnj8 . . . . 1 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Kdr 4 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Kiss1r . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
#> Kit . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 2 2 . . . . . . . . .
#> Lgr4 . . . . 1 . 1 . 1 . 1 3 . . . . . . 3 1 . . . . . . 1 1 .
#> Lgr6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lhcgr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lmod1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Lmtk2 . . 2 1 . . . . . . 2 1 2 3 . 3 . 3 . . . . . 2 . . . . .
#> Lpar1 . 4 . . 1 . . . . . . . . . . . 2 . 1 . . . . . . . . . .
#> Lpar2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Lpar4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Lpar6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Man1a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mas1 . . 2 2 . 3 . . . 1 . . . . 1 . . . . . 2 . . . . 1 . 1 .
#> Mc4r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mc5r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mchr1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Mertk . . . . 2 . 2 . 3 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . 1
#> Mlc1 . 1 . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . .
#> Mrgpre . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> Mrgprf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Musk . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Myh11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Nmbr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Npy1r . . 1 . . . . 1 . . 1 . . 1 1 . . . 1 . 1 . . . . 1 . 1 .
#> Npy2r . . . 1 . 2 . 2 . 1 1 1 . . 1 1 . 1 . . 1 1 2 1 . 1 . 3 .
#> Nrp1 . . . . . 1 . 2 3 . . 2 1 . . 2 . . . 1 1 . 1 1 1 . . . 3
#> Nrp2 . 1 1 . . . . 1 . 1 . . 1 . 2 . . . . 1 1 . . . . 2 1 . .
#> Ntrk2 1 1 . 1 1 . 4 . 7 1 1 2 1 . . . . . . 9 . 1 . . . . 2 . .
#> Ntrk3 . . 3 5 1 4 . 3 . 6 4 3 1 2 3 2 . 3 . . 4 4 3 4 1 2 . 1 .
#> Ntsr2 1 2 . . 1 . 3 . 10 . . . . . . . 1 . . 5 . . . . . . 1 . .
#> Olig1 . 15 . . . 1 . . 1 . . . . . . . 3 1 . . . . . . 1 . . . .
#> Opn3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Opn5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Oprm1 . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Oxtr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> P2ry12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . 4
#> P2ry14 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry4 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> P2ry6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> P2yr13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 3
#> Pcdh15 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pdgfra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pdgfrb . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Peg10 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Pln . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Plxnb3 . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . .
#> Ppp1r3g . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Prokr2 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . .
#> Ptafr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptgdr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptger2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptger3 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptger4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptgfr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Pth1r . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ptk7 . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . .
#> Ret . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Rho . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ror1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ror2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Rrh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Rspo3 . . 1 . . . . . . . . . . . 1 1 . 1 . . 2 . 1 . . . . . .
#> Rxfp3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Ryk . . . 1 . . . 1 1 . 3 1 . . 1 . 1 . . 1 . . . . . . . . 2
#> S1pr1 1 . . . 1 . 3 . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . .
#> S1pr2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> S1pr3 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> S1pr4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> S1pr5 . 3 . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . .
#> Sctr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
#> Selplg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
#> Sema4d . 9 . 1 . . . 1 . . 2 2 2 . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . 1 .
#> Slc15a3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc17a6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 . . . . . . . . .
#> Slc17a7 . . 7 7 4 4 3 7 . 10 25 11 8 7 7 4 . 11 . 1 10 7 7 11 2 5 . 5 .
#> Slc17a8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc25a18 . . . . . . 1 1 1 . . . . . . . 1 . . 2 . . 1 . . . 4 . .
#> Slc32a1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slc47a1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Slco1a4 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
#> Smo . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
#> Sox8 . 3 . . . . . 1 . 2 . 1 . 1 . . 2 . . . . . . . 2 . . . .
#> Sox9 . . . . 6 . 1 1 . 1 . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . .
#> Sstr1 . . . . . 1 . 3 . 2 . 1 3 . . 1 . . . . 1 2 . 2 . 1 . 1 .
#> Sstr2 . . . . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . 1 .
#> Sstr3 . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . 2 1 1 . . . . .
#> Sstr4 . . . . . 1 1 1 . . . 1 1 3 2 . . 1 . . . 1 1 . . . . . .
#> Syt4 . . . 1 . . . 1 . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 1 2 . . . 1 .
#> Taar2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Taar3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
#> Taar6 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Taar7e . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tacr1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> Tacr3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tas1r1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tas1r3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tas2r135 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tbxa2r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tek 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Tie1 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Timp4 . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . .
#> Tjap1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
#> Tmem108 . . . 2 . 3 . 4 . 1 5 3 1 1 2 . . . . . . 2 2 1 1 . . . .
#> Traf4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
#> Trhr . . 2 1 . 1 . . . . 2 1 1 . 1 . . 4 . . . . 1 1 . 1 . . .
#> Tyro3 . 9 . . . . 1 . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
#> Uts2r . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> V1ra8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vipr1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r40 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r43 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r46 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn1r50 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#> Vmn2r1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
#>
#> Abcc9 . . . . ......
#> Ackr1 . . . . ......
#> Ackr3 . . . . ......
#> Adcyap1r1 1 2 . 2 ......
#> Adgra1 . 2 . . ......
#> Adgra2 . . . . ......
#> Adgra3 . . 1 1 ......
#> Adgrb1 . . . . ......
#> Adgrb3 3 1 . . ......
#> Adgre1 . . . . ......
#> Adgrf2 . . . . ......
#> Adgrf4 . . . . ......
#> Adgrf5 . . . . ......
#> Adgrg1 4 . . . ......
#> Adgrg2 . . . . ......
#> Adgrg4 . . . . ......
#> Adgrg6 . . . . ......
#> Adgrl1 1 4 . . ......
#> Adgrl2 . . . . ......
#> Adgrl3 . . . . ......
#> Adgrl4 . . . . ......
#> Adgrv1 . . . . ......
#> Adora1 . 1 . 1 ......
#> Adora2a . . . . ......
#> Adora2b . . . . ......
#> Adra1a . . . . ......
#> Adra1b . . . . ......
#> Adra1d . 1 . . ......
#> Adra2a . . . . ......
#> Adra2b . . . . ......
#> Adrb1 . . . . ......
#> Adrb2 . . . . ......
#> Agtr1a . 1 . . ......
#> Aldh1l1 4 . . . ......
#> Alk . . . . ......
#> Amigo2 . . . . ......
#> Anxa11 . . . . ......
#> Aplnr . . . . ......
#> Aqp4 3 . . . ......
#> Arhgap29 . 1 . . ......
#> Ascl1 . . . . ......
#> Atp13a5 1 . . . ......
#> Avpr2 . . . . ......
#> Axl 2 . . . ......
#> Baiap2 . 1 . . ......
#> Bdkrb1 . . . . ......
#> Bdkrb2 . . . . ......
#> Blank-104 . . . . ......
#> Blank-127 . . . . ......
#> Blank-128 . . . . ......
#> Blank-139 . . . . ......
#> Blank-145 . . . . ......
#> Blank-148 . . . . ......
#> Blank-152 . . . . ......
#> Blank-155 . . . . ......
#> Blank-161 . . . . ......
#> Blank-45 . . . . ......
#> Blank-57 . . . . ......
#> Blank-69 . . . . ......
#> Blank-80 . . . . ......
#> Blank-83 . . . . ......
#> Blank-95 . . . . ......
#> Brs3 . . . . ......
#> C1qa . . 5 . ......
#> C1qb . . 6 . ......
#> C3ar1 . . . . ......
#> C5ar1 . . . . ......
#> C5ar2 . . . . ......
#> Calcrl . . . . ......
#> Casr . . . . ......
#> Cckbr . . . . ......
#> Ccr1 . . . . ......
#> Ccr10 . . . . ......
#> Ccr2 . . . . ......
#> Ccr9 . . . . ......
#> Cd300c2 . . . . ......
#> Celsr1 . . . . ......
#> Celsr2 . 1 . . ......
#> Celsr3 . 1 . . ......
#> Cenpe . . . . ......
#> Chrm1 . 1 . . ......
#> Chrm3 . . . . ......
#> Chrm4 . . . . ......
#> Chrm5 . . . . ......
#> Cldn5 . . . . ......
#> Cmklr1 . . . . ......
#> Cnr1 . . . . ......
#> Crhr1 . . . . ......
#> Crhr2 . . . . ......
#> Csf1r . . 3 . ......
#> Cspg5 5 1 . . ......
#> Cx3cl1 . 3 . . ......
#> Cx3cr1 . . 3 . ......
#> Cxcl12 . . . . ......
#> Cxcr4 . . . . ......
#> Cysltr2 . . . . ......
#> Ddr1 . 2 . . ......
#> Ddr2 . . . . ......
#> Dlk1 . . . . ......
#> Drd1 . . . . ......
#> Drd2 . . . . ......
#> Drd5 . . . . ......
#> Ednra . . . . ......
#> Ednrb 2 . . . ......
#> Efemp1 . . . . ......
#> Egfr . 1 . . ......
#> Emcn . . . . ......
#> Eomes . . . . ......
#> Epha1 . . . . ......
#> Epha10 . . . . ......
#> Epha2 . . . . ......
#> Epha3 . . . . ......
#> Epha4 . 1 . . ......
#> Epha5 . . . . ......
#> Epha6 . . . . ......
#> Epha7 . 1 . . ......
#> Epha8 . . . . ......
#> Ephb1 . 1 . . ......
#> Ephb2 . . . . ......
#> Ephb3 1 . . . ......
#> Ephb6 . . 1 . ......
#> Erbb2 . . . . ......
#> Erbb3 . . . . ......
#> Erbb4 . . . 1 ......
#> F2r . . . . ......
#> F2rl3 . . . . ......
#> Fgfr2 1 . . . ......
#> Fgfr3 7 . 1 . ......
#> Fgfrl1 1 . . . ......
#> Flt1 . 1 . . ......
#> Flt3 . 1 . . ......
#> Flt4 . . . . ......
#> Fn1 . . . . ......
#> Fpr1 . . . . ......
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